É a quarta de cinco adaptações animadas dos personagens X-Men , sendo as outras quatro Pryde of the X-Men , X-Men: The Animated Series , X-Men: Evolution e uma adaptação de anime conhecida simplesmente como X-Men.

Tudo começa quando a Mansão X é destruída por uma explosão e tanto Jean Grey quanto o Professor Xavier desaparecem. Wolverine reúne os heróis e assume a liderança destes. Quem dá as instruções a Wolverine é o próprio Xavier, que após ser encontrado, revela estar num coma que durará 20 anos. Ele consegue manter contato do futuro com os X-Men, os orientando sobre os acontecimentos que levarão o mundo à destruição (Charles viu um mundo dominado por robôs, com humanos e mutantes derrotados, sem vencedores).